登录 | 注册 | 充值 | 退出 | 公司首页 | 繁体中文 | 满意度调查
综合馆
基因组一般移位排序问题的多项式时间算法
  • 摘要

    基因组移位排序在基因组重组排序计算研究中占有重要位置.交互型移位和非交互型移位均为移位的特殊形式.目前见到的多种移位排序算法均是针对交互型移位而得到的,未见基因组一般移位排序计算的研究结果.文中讨论包括交互型移位和非交互型移位的一般移位排序问题的求解方法,给出该问题的一个多项式时间算法.算法的关键在于将一般移位排序问题在线性时间内归约为交互型移位排序问题,利用交互型移位排序的算法来求解一般移位排序.作者的算法证实了Ozery-Flato等关于一般移位排序问题可以多项式时间解决的猜测.

  • 作者

    尹晓  朱大铭  YIN Xiao  ZHU Da-Ming 

  • 作者单位

    山东大学计算机科学与技术学院,济南,250101

  • 刊期

    2010年5期 ISTIC EI PKU

  • 关键词

    算法  基因组重组  移位  移位距离  计算生物学  algorithm  genome rearrangement  translocation  translocation distance  computational biology 

参考文献
  • [1] 刘晓文,朱大铭,马绍汉,李子茂,王鲁生. 有向基因组移位排序问题的O(n2)快速算法. 计算机学报, 2004,10
  • [2] 朱大铭,马绍汉. 基因组Translocation排序问题的改进多项式算法. 计算机学报, 2002,2
  • [3] Ozery-Flato M;Shamir R. Sorting by reciprocal translocations via reversals theory. Journal of computational biology: A journal of computational molecular cell biology, 2007,4
  • [4] Tzvika Hartman;Ron Shamir. A simpler and faster 1.5-approximation algorithm for sorting by transpositions. Information & Computation, 2006,2
  • [5] Hannenhalli S;Pevzner P A. Transforming cabbage into turnip:Polynomial algorithm for sorting signed permutations by reversals. Journal of the ACM, 1999,01
  • [6] Hannenhalli S. Polynomial-time algorithm for computing translocation distance between genomes. Discrete Applied Mathematics, 1996,1-3
  • [7] Ozery-Flato M;Shamir R. An O(n3/2 /(logn) algorithm for sorting by reciprocal translocations. Spain:Barcelona, 2006
  • [8] Hannenhalli S;Pevzner P A. Transforming men into mice:Polynomial algorithm for genomic distance problem. Milwaukee,Wisconsin, 1995
  • [9] Tesler G. Efficient algorithms for multi-chromosomal genome rearrangements. Journal of Computer and Systems Sciences, 2002,03
  • [10] Kaplan H;Shamir R;Tarjan R E. Faster and simpler algorithm for sorting signed permutations by reversals. New Orleans,Louisiana,United States, 1997
  • [11] Tannier E;Bergeron A;Sagot M. Advances on sorting by reversals. Discrete Applied Mathematics, 2007,6-7
  • [12] Bafna V;Pevzner P A. Sorting by transpositions. SIAM Journal on Discrete Mathematics, 1998,02
  • [13] Elias I;Hartman T A. 1.375-approximation algorithm for sorting by transpositions. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2006,04
查看更多︾
相似文献 查看更多>>
3.88.161.108